Durante el juicio contra 486 cabecillas de la Mara Salvatrucha, la Fiscalía General de la República reveló evidencia comprometedora sobre la relación entre la pandilla y el primer gobierno del FMLN. Según las investigaciones presentadas ante el Tribunal Sexto contra el Crimen Organizado, la cúpula de la organización enviaba cartas al entonces presidente Mauricio Funes para exigir el cumplimiento de acuerdos pactados bajo la denominada tregua. En estas misivas, los criminales amenazaban con mantener «válvulas abiertas» —homicidios indiscriminados— hasta observar avances en lo acordado con el Ejecutivo.

La abundancia de pruebas incluye la reproducción de 125 audios obtenidos mediante intervenciones telefónicas y análisis de dispositivos electrónicos incautados. Expertos y peritos explicaron al juez cómo los cabecillas ordenaban miles de delitos ejecutados por 230 clicas a nivel nacional. Estas evidencias confirman que, a pesar del discurso oficial de reducción de violencia entre 2009 y 2014, la estructura criminal utilizaba los asesinatos como mecanismo de presión política contra el Estado.

Además, el proceso judicial ha dejado al descubierto el esquema jerárquico de la pandilla y cómo los aspirantes debían asesinar salvadoreños inocentes para ascender de rango. El ministerio público continúa presentando testigos y análisis de multimedia que ilustran el control territorial que ejercían estas células. Este caso reafirma el oscuro vínculo que existió entre las administraciones pasadas y los grupos terroristas, afectando profundamente la seguridad de la población salvadoreña durante años.